Нұр-Мүбарак Египет ислам мәдениеті университетінің ғылыми-зерттеу жұмысы жалпы мамандарды даярлау үрдісінің ажырамас құрамдас бөлігі болып табылады. Университет ғылым саласында жоғары нәтижелерге қол жеткізуге ұмтылып, іргелі және қолданбалы, әлеуметтік және білім беру, рухани жаңғыру, тарихи ғылымдар аясындағы ғылыми-зерттеу нәтижелері Қазақстанның, сондай-ақ Орта Азиядағы Исламтану, дінтану, теология, тіл және қолжазба салаларының дамуына өзіндік үлес қосуына күш салуда.  Университет ғылым саласында жан-жақты және тиімді шешімдерді әзірлеу үшін әртүрлі пәндерді біріктіре отырып, пәнаралық зерттеулерді ынталандырады. Университеттің ғылым саласындағы бұл ұстанымы аймақтық және халықаралық деңгейдегі жетекші ғылыми зерттеу орталықтарының біріне айналуына мүмкіндік береді.