Академияның мақсаты  — ҚМДБ өкілдері мен діни қызметкерлерінің, мемлекеттік және мемлекеттік емес ұйым өкілдеріне, жалпы қызығушылық танытқан дінтанушы, исламтанушы мамандардың діни және теологиялық дайындығын арттыру мақсатында діни экстремизмге қарсы тұру  мәселелері бойынша білім беру, ғылыми және тәжірибелік пәндер бойынша біліктілікті арттыру, жаттықтыру. Сонымен қатар діни экстремизмге қарсы ғылыми-методикалық, зерттеу, талдау қызметтерін жасау.